Software
Natürlich kann man vieles auch mit Word und Excel machen, aber es gibt ein paar Programme, die das Leben auch in der Biologie sehr vereinfachen - gerade dann, wenn man keinen Nerv auf das weitverbreitetste (Nicht-)Betriebssystem hat...
zweidimensionale Datenanalyse und Statistik
läßt sich natürlich auch mit Excel machen. Und mittlerweile gibt es eine Vielzahl von Funktionen. Wer aber über die eingebauten Funktionen hinausgehen will, für den gibt es (kostenlose) Alternativen...
Grace
Grace is a WYSIWYG 2D plotting tool for the X Window System and M*tif. Grace runs on practically any version of Unix-like OS. As well, it has been successfully ported to VMS, OS/2, and Win9*/NT/2000/XP (some minor functionality may be missing, though).
- Grace Homepage:
- http://plasma-gate.weizmann.ac.il/Grace/
- Download
- ftp://plasma-gate.weizmann.ac.il/pub/grace/contrib/bin/grace-5.1.9/
eigener Kommentar: Grace ist ein Tool, das die gesamte "higher order statistics" erlaubt, inklusive Fitten beliebiger (selbst eingebbarer) Funktionen. Viele 2D--Graphen in wissenschaftlichen Publikationen sind mit diesem Programm erstellt.
Wer an der HU Berlin irgendwann einmal als Biologe mit der Theoretischen Biologie, insbesondere mit Prof. Herzel, zu tun hat, wird dieses Programm schätzen lernen, da es in seiner Arbeitsgruppe eingesetzt wird und eine Einführung zur Grundlage vieler Übungen gehört. Letztlich läßt sich ein Großteil der Nichtlinearen Dynamik und Zeitreihenanalyse über dieses Programm bewerkstelligen.
wissenschaftliche Bildauswertung
ist ein Bereich, den man vielleicht erst im Hauptstudium oder in der Diplomarbeit schätzen lernt. Kommerzielle Programme kosten meist einige tausend Euro in der Grundversion. Nicht so ein mittlerweile in Java umgeschriebenes Tool des NIH (National Institute of Health, USA)...
ImageJ
ImageJ is a public domain Java image processing program inspired by NIH Image for the Macintosh. It runs, either as an online applet or as a downloadable application, on any computer with a Java 1.1 or later virtual machine. Downloadable distributions are available for Windows, Mac OS, Mac OS X and Linux.
- ImageJ Homepage:
- http://rsb.info.nih.gov/ij/
- Download
- http://rsb.info.nih.gov/ij/download.html
eigener Kommentar: ImageJ ist die Erfüllung dessen, nach dem ich sechs Jahre gesucht habe: Ein Programm, das unter einer schlichten Oberfläche unglaublich mächtig ist, plattformübergreifend (Java!) auf PC/Mac/Unix eingesetzt werden kann und über seine zahlreichen Plugins (fast) genauso viel kann wie die kommerzielle Konkurrenz.
Mathematik(a)
Matlab und Mathematica sind die beiden großen Software-Suiten im Bereich der numerischen und symbolischen mathematischen Programmiersprachen. Auch diese Programm-Pakete sind normalerweise sehr teuer (wobei es sehr günstige Studenten-Versionen gibt!) Unter Linux haben sich eine Reihe von Alternativen entwickelt, unter denen Octave als "Matlab-Clone" zu den interessantesten zählen dürfte...
Octave
GNU Octave is a high-level language, primarily intended for numerical computations. It provides a convenient command line interface for solving linear and nonlinear problems numerically, and for performing other numerical experiments using a language that is mostly compatible with Matlab. It may also be used as a batch-oriented language.
- Octave Homepage:
- http://www.octave.org/
- Download
- http://www.octave.org/download.html
eigener Kommentar: Octave als reinen Matlab-Clone zu betrachten, wäre falsch. Trotzdem ist die syntaktische Nähe gewollt und führt dazu, daß viele Programme, die ursprünglich für Matlab geschrieben wurden, mit geringen Änderungen auch unter Octave laufen.
Wer an der HU Berlin irgendwann einmal als Biologe mit der Theoretischen Biologie, insbesondere mit Prof. Herz, zu tun hat, wird dieses Programm schätzen lernen, da es in seiner Arbeitsgruppe eingesetzt wird und eine Einführung zur Grundlage vieler Übungen gehört. Letztlich läßt sich ein Großteil der Computational Neuroscience nur über numerische Berechnungen der Modelle bewerkstelligen.
Hier ein paar Links zu Octave und speziell zur Kompatibilität mit Matlab:
- Octave FAQ - Porting programs from MATLAB to Octave
- http://www.octave.org/FAQ.html#SEC24
- Octave Mailing Lists
- http://www.octave.org/archive.html
- Octave <-> Matlab Compatibility Database
- http://users.powernet.co.uk/kienzle/octave/matcompat/
- Matlab/Octave compatibility packages
- http://users.powernet.co.uk/kienzle/octave/index.html
Textsatz
Auch wenn die meisten es nicht gerne hören werden: wissenschaftlich ernstzunehmender Textsatz, möglichst noch mit vielen mathematischen Formeln, ist mit Word und Co. nicht wirklich zu bewerkstelligen. Eine kostenlose, absturzsichere und in den Naturwissenschaften (insbesondere Mathematik, Physik) etablierte "Alternative" ist TeX/LaTeX.
TeX/LaTeX
- TeX/LaTeX "Homepage":
- http://www.dante.de/
- http://www.ctan.org/
- Dokumentationen:
- http://maitre.physik.uni-kl.de/~pospiech/latex.php
- PSTricks:
- http://tug.org/applications/PSTricks/
- Xy-pic:
- http://www.brics.dk/~krisrose/Xy-pic.html